Ve hře je aplikován efekt dne a noci. V noci se objevují příšery. Hráč buď může sedět a čekat na svítání, jít ven a bojovat o svůj holý život, jen se snažit rozšířit svůj skromný přístřešek nebo jít spát.Hra obsahuje různé stupně obtížnosti od „Peaceful“, kdy se neobjevují monstra a životy se automaticky doplňují, až po obtížnost „Hard“. Hra Minecraft také obsahuje podporu texture packů, které mění vzhled hry. Další z možností „okořenění“ hry je instalace prozatím oficiálně nepodporovaných modifikací, které mohou přidat například nové bloky, zvěř a předměty.

Herní módy:

• Survival – původní herní mód (hlad, těžení, přežívání)
• Hardcore – stejný jako mód Survival, s nezměnitelnou obtížností „Hardcore". Pokud zemřete, vymaže se celý svět a hra končí.
• Creative – herní mód, ve kterém je zpřístupněno neomezené množství věcí zcela bez těžení, s funkcí létání. Všechny bloky lze rozbít na jedno kliknutí a hráč je v této hře nesmrtelný, ovšem pokud vypadne ze světa (Void), zemře.
• Adventure – Stejné jako survival. Nedají se těžit ani pokládat bloky. Předměty se dají ovládat.